Akcja filmu rozgrywa się w otoczonej gigantycznym labiryntem wiosce, która została założona przez grupę nastoletnich chłopców, którzy stopniowo przybywali do labiryntu w tajemniczym pudle. Od kilku lat bohaterowie próbują przetrwać, przez wypracowanie systemu współżycia, w którym każdy odgrywa ważną rolę. Wśród nich jest grupa odpowiedzialna za badanie labiryntu w poszukiwaniu drogi do wyjścia. Chłopcy poza sobą nie mają nikogo, nie pamiętają nic z życia przed labiryntem. Nie wiedzą gdzie są i kto ich uwięził w labiryncie, wiedzą tylko jak się tu znaleźli, że “przybyli” w pudle. Wszystko zaczyna się zmieniać, gdy do labiryntu przybywa Thomas. Jest bardzo dociekliwy i mimo wszystko dąży do poznania prawdy. Przez to zaczynają pojawiać się problemy i równowaga w grupie zostaje zaburzona. Są też dobre strony pojawienia się nowego członka w grupie, dzięki Thomasowi pojawi się pierwsza, realna szansa na uwolnienie się z labiryntu i odzyskanie wolności.